Achtergrond
Stichting Brabantse Milieufederatie en Vereniging tot Behoud van Natuurmonumenten (hierna: "BMF" en "Natuurmonumenten") verzochten het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant (hierna: het ''College'', bevoegd gezag) om een in 2013 aan De Logt B.V. verleende natuurvergunning (1) in te trekken. De natuurvergunning zag op het mogelijk maken van een varkenshouderij met 19.008 gespeende biggen. De daarvan uitgaande stikstofdepositie op omliggende Natura 2000-gebieden kon via 'intern salderen' (waardoor er per saldo geen sprake was van toename van stikstofdepositie) worden vergund (middels een zogenaamde 'verslechteringsvergunning'). Van de natuurvergunning was tot op heden geen gebruik gemaakt. Het alsnog in werking brengen van de varkenshouderij zou volgens BMF en Natuurmonumenten leiden tot een forse toename van de depositie op het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen, terwijl dat gebied reeds overbelast is. BMF en Natuurmonumenten verzochten om die reden tot intrekking van de vergunning op grond van artikel 5.4 van de Wet natuurbescherming (''Wnb''). Het College wees het verzoek af, waarna de zaak werd voorgelegd aan de rechtbank, en uiteindelijk aan de Afdeling.  

(i)    Artikel 5.4 Wnb: wijziging of intrekking van een natuurvergunning 

Wettelijk kader
Op grond van het eerste lid van artikel 5.4 Wnb kan een natuurvergunning door het bevoegd gezag worden ingetrokken of gewijzigd indien één van de in dat lid genoemde omstandigheden zich voordoet. Een natuurvergunning wordt op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb in elk geval ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn (2). In het hiernavolgende beperken wij ons tot de belangrijkste overwegingen ten aanzien van het tweede lid. 

Het intrekken van een natuurvergunning, een passende maatregel?
De Afdeling oordeelt dat in artikel 5.4, tweede lid, Wnb een zelfstandige grond voor intrekking of wijziging van de natuurvergunning besloten ligt, namelijk: 'de dreigende verslechtering of verstoring met significante gevolgen van een soort of habitattype waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen'. Als deze grond zich voordoet dan staat vast dat passende maatregelen getroffen moeten worden. Daarbij gelden een aantal uitgangspunten:

• het bevoegd gezag heeft beoordelingsruimte bij de keuze van de passende maatregelen, en zal dus moeten beslissen of de intrekking of wijziging van de natuurvergunning als passende maatregel wordt ingezet, dan wel dat andere passende maatregelen (zullen) worden getroffen (3); 
• als de intrekking of wijziging van een natuurvergunning kan bijdragen aan het voorkomen van de dreigende achteruitgang van de natuurwaarden, dan kan dat een passende maatregel zijn; 
• als de intrekking of wijziging van de natuurvergunning de enige passende maatregel is om de dreigende achteruitgang van natuurwaarden te voorkomen, dan moet het bevoegd gezag de natuurvergunning intrekken of wijzigen; 
  • uit artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb volgt echter niet dat het bevoegd gezag alleen tot intrekking of wijziging van een vergunning overgaat als dat de enige passende maatregel is om de dreigende achteruitgang van natuurwaarden te voorkomen. Ook als andere passende maatregelen getroffen kunnen worden, kan het bevoegd gezag binnen de beoordelingsruimte die het heeft kiezen voor de intrekking of wijziging van de natuurvergunning

Motivering besluit op verzoek om intrekking of wijziging van een natuurvergunning
De Afdeling overweegt dat het bevoegd gezag in het besluit op een verzoek om intrekking of wijziging van de natuurvergunning inzichtelijk zal moeten maken op welke wijze het invulling heeft gegeven aan de beoordelingsruimte die het heeft. Met andere woorden: het bevoegd gezag moet onderbouwen waarom het welke passende maatregelen kiest. Als het bevoegd gezag de intrekking of wijziging van de natuurvergunning niet als passende maatregel wil inzetten terwijl dat wel zou kunnen, dan dient het bevoegd gezag inzichtelijk te maken dat de intrekking of wijziging niet de enige passende maatregel is en als dat zo is, waarom de intrekking of wijziging van de natuurvergunning geen onderdeel hoeft uit te maken van de maatregelen of het pakket van maatregelen dat wel wordt getroffen. Het tijdpad waarbinnen de maatregelen worden uitgevoerd en wanneer het effect daarvan verwacht wordt, kunnen aan een onderbouwing bijdragen. 

(ii)    (Geen) vergunningplicht voor intern salderen 

Wettelijk kader
De vergunningplicht voor projecten is geregeld in artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb. Voorheen (tot 1 januari 2020) gold op grond van dat artikel dat projecten die wel enige, maar geen significante gevolgen kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied, vergunningplichtig waren (ook wel de 'verslechteringsvergunning'). In onderhavige uitspraak heeft de Afdeling bepaald dat de wetswijziging per 1 januari 2020 tot gevolg heeft dat alleen nog een vergunningplicht bestaat voor projecten die significante gevolgen kunnen hebben. 

Betekenis voor intern salderen 
Bij het bepalen of een project significante gevolgen heeft, is relevant of voor een project gebruik kan worden gemaakt van intern salderen. Volgens vaste rechtspraak van de Afdeling kan op basis van objectieve gegevens worden uitgesloten dat een wijziging of uitbreiding van een project significante gevolgen heeft, indien daarbij gebruik wordt gemaakt van intern salderen ( = de wijziging of uitbereiding leidt niet tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie (4)). Met andere woorden: kan een project gebruik maken van intern salderen, dan zijn significante gevolgen uitgesloten. In het licht van de wetswijziging betekent dit dat de figuur van de 'verslechteringsvergunning', waarbij via intern salderen wordt uitgesloten dat er significante effecten zijn, niet langer aan de orde is. 

Gevolgen natuurvergunning Veehouderij De Logt
Het vervallen van de vergunningplicht per 1 januari 2020 betekent niet dat de natuurvergunning wordt ingetrokken. Wel betekent het dat het intrekken van de natuurvergunning (verleend op basis van intern salderen) niet langer een passende maatregel is. Met de intrekking van de vergunning kan immers niet meer worden bewerkstelligd dat de activiteit wordt beëindigd of wordt voorkomen dat het project alsnog wordt gerealiseerd (voor het realiseren van het project geldt immers geen vergunningplicht).

Gevolgen voor de praktijk
Het verdwijnen van de vergunningplicht lijkt een onbedoeld of ondoordacht gevolg van de wetswijziging per 1 januari 2020 (getuige ook de provinciale beleidskaders intern en extern salderen), en brengt volgens ons verschillende uitvoerings- en handhavingsvraagstukken met zich mee. Wij denken onder meer aan: 

• hoe kan het bevoegd toezicht houden op het op juiste wijzen inzetten van intern salderen (kloppen de berekeningen en onderbouwing wel), als projecten geen vergunning meer hoeven aan te vragen voor een wijziging of uitbreiding? 
• geven de natuurvergunningen van bedrijven nog wel een reëel beeld van de bedrijfsvoering, als deze vergunningen in het kader van een uitbreiding of wijziging waarbij gebruik wordt gemaakt van intern salderen, niet hoeven te worden aangepast? 
• moet een bedrijf haar salderingsberekeningen en onderbouwing altijd paraat hebben bij een handhavingsbezoek, om aan te kunnen tonen dat zij geen vergunning nodig heeft ondanks gewijzigde activiteiten? 
• wat betekent de uitspraak voor de door de provincies vastgestelde beleidsregels 'intern en extern salderen', nu de wettelijke grondslag daarvoor is vervallen?

Ten behoeve van rechtszekerheid kunnen wij ons voorstellen dat bedrijven toch graag een 'toestemming' van het bevoegd gezag verlangen. Niet valt uit te sluiten dat de wetgever op termijn een monitoringssysteem in het leven zal roepen, bijvoorbeeld door middel van een meldingsplicht. Hoe een en ander gaat uitwerken zal de komende tijd moeten blijken. Provincies hebben in ieder geval aangegeven zich over de uitspraak en de gevolgen daarvan voor hun taak op het gebied van Natura 2000 (vergunningverlening, toezicht en handhaving) te buigen (5).

Mocht u vragen hebben over de voorgaande of wat dit voor u betekent? Neem dan contact met ons op.

1. Verleend op grond van de voorganger van de Wet natuurbescherming: de Natuurbeschermingswet 1998.
2. Uit artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn volgt dat passende maatregelen moeten worden getroffen om verslechteringen en verstoringen die significante effecten kunnen hebben op de soorten en habitattypen waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen te voorkomen. De Afdeling merkt in deze uitspraak op dat het tweede lid van artikel 5.4 Wnb geen grondslag biedt voor de intrekking of wijziging van een natuurvergunning ter uitvoering van artikel 6, eerste lid, van de Habitatrichtlijn.
3. N.B. Dit is anders dan bij toepassing van artikel 5.4, eerste lid, Wnb, waarbij het bevoegd gezag ruimte heeft voor het maken van een belangenafweging (zoals het belang dat een vergunning formele rechtskracht heeft).   
4. De referentiesituatie wordt ontleend aan de geldende natuurvergunning of, bij het ontbreken daarvan, aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (het moment waarop artikel 6 Hrl van toepassing werd voor het betrokken natuurgebied, tenzij nadien een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen. In dat laatste geval geldt die toestemming als referentiesituatie. 
5. https://www.bij12.nl/nieuws/provincies-bestuderen-de-stikstofuitspraken…;